累职南京兵部职方郎中，后调任浙江出任台州知府，谭纶训练了一千人名乡兵，分配明确，进止整齐划一，不久就成为精锐部队。
倭寇围攻台州，没有攻克只得离去。倭寇转而侵犯仙居、临海，谭纶将他们全部擒拿、斩杀，以而升任浙江巡海道副使。
倭寇从象山冲击台州，谭纶在马岗、何家石览接连打败他们，又与戚继光一起在葛埠、南湾打败倭寇，被加封为浙江布政司右参政。
只是父亲去世的噩耗传来，谭纶只好离职返回江西。
不过在守丧之时，又遇到朝廷出兵讨伐张琏，朝廷用谭伦统领浙江兵讨伐饶平的乱贼林朝曦，事后向朝廷请辞归家守孝。
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