然而来自罗马的仇家很快就到了，教皇的儿子，历史上的“毒药公爵”凯撒波吉亚偷袭了庄园，杀害了马里奥叔叔，捉走了艾吉奥的情人凯特琳娜，而艾吉奥也重伤，侥幸逃脱。
在艾吉奥重伤昏迷时，他得到了刺客马基雅弗利的救助，在治好伤势后，他与罗马当地刺客组织开始了对波吉亚家族和圣殿骑士的复仇。
艾吉奥此刻明白，刺客式微，如果想要对抗圣殿骑士必须更多的力量——而这些力量必须与权贵为代表的的圣殿骑士相对。
于是打决定从底层民众入手，重建了兄弟会，将刺客的技艺和信仰传递给更多人，携手对抗残暴统治的圣殿骑士。
最后艾吉奥成功的带领了成长起来的兄弟会完成了复仇，并根据金苹果的指引一路追杀凯撒至西班牙，在烈火包围的战场上，杀死了凯撒。
而罗马的活动让艾吉奥得到了“刺客导师”的美名，这也是他刺客生涯中最辉煌的时刻。
随后艾吉奥在整理马里奥叔叔遗物的时候，他发现了一封信件，来自他父亲的信件。
信中，他父亲提及一个隐藏在刺客始祖，阿泰尔家乡的一个秘密图书馆。
据说在那个图书馆里，有关于刺客甚至世界的更多秘密。
出于好奇与求知，艾吉奥踏上了寻真之旅。经过十个月的跋山涉水，已经年过半百的艾吉奥抵达了迈斯亚夫。
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